Le Dr Makeda Robinson, Ph. D. , est un spécialiste des maladies infectieuses qui étudie actuellement les interactions virus-hôte dans les virus émergents à l’Université de Stanford. Chaque semaine, le Dr Robinson analyse des sujets complexes liés à la COVID-19 et aborde des problèmes urgents de santé publique.
Depuis le début de la pandémie, les États-Unis sont confrontés à des problèmes de dépistage, en raison d’une pénurie massive de tests, d’une inefficacité des tests et de l’incapacité à mettre en œuvre des stratégies de dépistage à grande échelle. Cependant, à mesure que la technologie rattrape l’évolution des informations sur le SARS-CoV-2, les scientifiques commencent à développer des tests innovants, rapides et précis qui peuvent aider à freiner la propagation du COVID-19.
L’un de ces tests, SalivaDirect, a obtenu une autorisation d’utilisation d’urgence (EUA) de la part de la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis en août et a le potentiel de changer l’infrastructure des procédures de test aux États-Unis. Comment fonctionne ce test ? Comment se compare-t-il aux autres tests qui ont reçu l’EUA ? Le Dr Robinson s’est entretenu avec Health Life Guide au sujet des dernières options de test.
Health Life Guide : Comment fonctionne SalivaDirect et pourquoi a-t-il suscité autant d’attention récemment ?
Dr. Robinson : SalivaDirect demande aux utilisateurs de recueillir leur propre salive dans un récipient stérile où elle est ensuite envoyée à un laboratoire pour traitement. ( Note de l’éditeur : Selon la FDA , l’échantillon doit être prélevé sous la supervision d’un médecin. ) L’une des raisons pour lesquelles ce test a suscité autant d’attention est qu’il est rapide, bon marché et facile.
Pour rendre ce test plus largement disponible, les chercheurs de la Yale School of Public Health ont testé SalivaDirect à l’aide de plusieurs machines et ont découvert que leur protocole ne nécessitait pas la machine d’un fournisseur spécifique pour fonctionner efficacement. Cela signifie que les laboratoires intéressés par l’utilisation de ce test n’auraient probablement pas besoin d’acheter d’équipement spécial pour l’exécuter. Il s’agit d’un problème important lorsqu’on pense aux goulots d’étranglement de la chaîne d’approvisionnement.
Ces modifications innovantes permettent de réduire les coûts et d’accélérer les délais d’exécution. Avec SalivaDirect, les résultats sont disponibles en moins de 24 heures et le coût par test est inférieur à 10 dollars pour le public. Le coût est un problème majeur lorsque l’on envisage d’intensifier les tests, en particulier dans les pays à revenu moyen ou faible qui souhaitent effectuer des tests sur une population plus large. Alors que nous cherchons à étendre les tests de diagnostic aux personnes asymptomatiques, SalivaDirect pourrait être une excellente option.
Health Life Guide : Comment les chercheurs ont-ils pu réaliser un test plus rapide et moins cher ? Quelle est la différence dans sa technologie ?
Dr Robinson : Les chercheurs qui ont créé le test ont apporté deux modifications majeures aux tests PCR standard .
Premièrement, ils n’ont pas inclus de composés spécifiques qui sont couramment utilisés lors de la collecte d’échantillons, ce qui a considérablement réduit le coût de fabrication de SalivaDirect. Ces conservateurs d’acide nucléique sont généralement ajoutés au récipient de collecte pour améliorer l’intégrité de l’ARN de votre échantillon. Avec SalivaDirect, les chercheurs ont évalué si les conservateurs étaient nécessaires lors du test du SARS-CoV-2, et ils n’ont constaté aucune différence significative dans la précision du test lorsqu’ils étaient exclus. En fait, ils ont constaté une amélioration de la détection après sept jours à des températures chaudes
La deuxième modification, qui peut avoir une plus grande influence sur le résultat du test, est l’étape d’extraction de l’ARN. Cette étape sert à concentrer et à extraire l’ARN des échantillons afin d’améliorer la précision du test. La majorité de nos tests de diagnostic PCR SARS-CoV-2 actuels utilisent cette étape, qui nécessite des kits d’extraction d’acide nucléique spéciaux. Malheureusement, nous avons connu une pénurie de ces kits tout au long de la pandémie. Le protocole SalivaDirect supprime l’étape d’extraction de l’ARN
Afin d’éliminer cette étape tout en maintenant la précision, les scientifiques qui ont créé SalivaDirect ont remplacé l’extraction d’ARN par l’ajout d’une enzyme, la protéinase K. La protéinase K peut inactiver les protéines qui peuvent dégrader l’ARN dans les échantillons.
Health Life Guide : Comment SalivaDirect se compare-t-il aux autres tests salivaires de diagnostic du SARS-CoV-2 ?
Dr Robinson : Je pense que SalivaDirect se distingue des autres tests de diagnostic en partie par son coût et son accessibilité. En avril, la FDA a émis sa première autorisation d’utilisation d’urgence pour un test salivaire créé par le Rutgers Clinical Genomics Laboratory. Il est actuellement disponible dans le commerce, mais il coûte 150 dollars, ce qui fait qu’il y a une grande différence de prix entre ce test et SalivaDirect. Le test [de Rutgers], cependant, se rapproche davantage des tests PCR traditionnels, car les médecins effectuent une étape d’extraction de l’ARN
Health Life Guide : En quoi SalivaDirect se compare-t-il aux écouvillons nasopharyngés standard ?
Dr Robinson : Une différence importante est que vous pouvez prélever vous-même un échantillon de salive. Lors d’un prélèvement nasopharyngé, vous risquez de tousser et d’éternuer davantage, ce qui met en danger le professionnel de la santé qui administre le test.
Table des matières
Qu’est-ce qu’un écouvillon nasopharyngé ?
Un prélèvement nasopharyngé prélève un échantillon de l’intérieur du nez, jusqu’à l’arrière de la gorge.
Les tests salivaires peuvent également être un peu plus cohérents. Les résultats d’un test par écouvillonnage nasopharyngé peuvent dépendre de la personne qui prélève l’échantillon. Le facteur humain peut jouer un rôle majeur si l’écouvillon n’est pas placé suffisamment profondément pour obtenir un échantillon suffisant.
De plus, de nombreuses personnes trouvent inconfortable de se faire tester par prélèvement. Un test salivaire pourrait donc être bénéfique si davantage de personnes acceptent de se faire tester en raison de la facilité et de la commodité de cette méthode.
Health Life Guide : Pensez-vous que les tests salivaires pourraient remplacer les tests par écouvillonnage nasopharyngé ?
Dr Robinson : Je pense que les deux tests ont leur place dans le secteur de la santé.
Les tests salivaires peuvent être plus utiles en ambulatoire chez les personnes présentant des symptômes légers. Mais les patients déjà hospitalisés peuvent avoir plus de difficultés à produire suffisamment de salive. Des problèmes tels qu’une bouche sèche et une production accrue de mucus ou de sang peuvent entraver la procédure de test.
Sensibilité et spécificité
- La sensibilité est le pourcentage de personnes infectées qui présentent réellement un résultat de test positif.
- La spécificité est le pourcentage de personnes non infectées qui présentent effectivement un résultat de test négatif.
Health Life Guide : Quels sont les niveaux de sensibilité et de spécificité de SalivaDirect ?
Dr Robinson : Le test SalivaDirect semble avoir une légère réduction de sensibilité par rapport au test PCR standard car il saute l’étape d’extraction de l’ARN. Il fallait toutefois s’y attendre. Cette réduction de sensibilité entraînera davantage de faux négatifs. Trois patients positifs sur 41 ne seront pas détectés par SalivaDirect
Pour déterminer la spécificité, les chercheurs ont cherché à savoir si cette stratégie de test pouvait entraîner une réactivité croisée pour la grippe. Ce test entraînerait-il des résultats faussement positifs chez les personnes qui avaient eu la grippe mais pas le SRAS-CoV-2 ? Ils ont testé des échantillons des souches grippales des deux années précédentes et ont découvert que leur test ne présentait pas de réaction croisée avec ces souches grippales, ce qui signifie qu’il est hautement spécifique pour le SRAS-CoV-2
Health Life Guide : Quels autres tests de diagnostic approuvés pourraient, selon vous, changer la donne ?
Dr Robinson : L’ilumina (COVIDSeq) est une autre approche de test qui présente ses propres avantages. Il peut traiter jusqu’à 3 000 échantillons à la fois, produisant des résultats en 24 heures. [Les chercheurs] signalent une sensibilité de 98 % et une spécificité de 97 %
Ce test utilise des prélèvements nasopharyngés et oropharyngés, et non de la salive. Il se distingue toutefois des autres tests car il permet aux chercheurs de séquencer le virus et peut donner des informations sur les chaînes de transmission et les taux de mutation. Comme le virus SARS-CoV-2 passe plus de temps à interagir avec le système immunitaire humain, il va essayer de trouver des moyens d’échapper à nos défenses en mutant. Ces mutations sont quelque chose que nous devons surveiller de près lorsque nous réfléchissons aux vaccins et aux thérapies et peuvent être surveillées en utilisant la technologie de séquençage
L’une des limites de cette stratégie de test est que des problèmes peuvent survenir en raison du besoin d’équipements spécifiques provenant d’un fournisseur spécifique, ce qui pourrait entraîner des problèmes de chaîne d’approvisionnement.
Le test DETECTR est une autre approche de test diagnostique avec EUA de la FDA. Il utilise plusieurs technologies avancées pour réduire le délai d’exécution à moins d’une heure, ce qui pourrait être véritablement transformateur
Health Life Guide : Comment l’abondance et l’accessibilité des tests rapides peuvent-elles aider à éclairer les politiques de santé publique et les efforts de confinement ?
Dr Robinson : Je crois que nous disposons actuellement des outils nécessaires pour contenir ce virus. Les mesures de santé publique, comme le port du masque et la distanciation sociale, ainsi que les tests de diagnostic et la recherche des contacts à grande échelle, ont montré leur capacité à protéger nos communautés contre la transmission de la COVID-19.
Nous avons vu que ces mesures peuvent faire une énorme différence dans d’autres pays comme la Corée du Sud et Taiwan, qui se sont concentrés très tôt sur les efforts de confinement et ont maintenu leur nombre de cas relativement bas. Les tests à domicile et les tests rapides peuvent nous aider dans nos efforts et constituent un autre outil potentiel dans la boîte à outils pour une réouverture en toute sécurité.
Par exemple, alors que certaines entreprises commencent à réfléchir à la logistique du retour au bureau d’un sous-ensemble d’employés, des protocoles de dépistage rapide à domicile pourraient nous permettre de commencer à le faire de manière beaucoup plus sûre. Idéalement, nous nous appuierions sur le trio hygiène des mains, port du masque et distanciation sociale, en y ajoutant des tests rapides à domicile et une recherche des contacts plus avancée grâce à la technologie. Ces approches pourraient également être appliquées au milieu scolaire.
Compte tenu de l’impact extraordinaire de cette pandémie, j’ai parfois l’impression que nous nous sentons impuissants, mais je crois que c’est le moment d’investir dans nos communautés et de commencer à nous ouvrir les yeux sur la nécessité d’investissements fondamentaux dans les infrastructures de santé publique. Nous ne sommes pas plus à l’abri du prochain virus sans nom qu’au début de 2020.
Health Life Guide : Il a été démontré que bon nombre de ces tests rapides et peu coûteux ont une sensibilité moindre. Pensez-vous qu’il est plus important de disposer de tests très précis ou accessibles ?
Dr Robinson : Cela dépend en grande partie de ce que l’on cherche à accomplir avec les tests de diagnostic. Nous utilisons des tests de diagnostic pour répondre à de nombreuses questions, notamment pour savoir si une personne a une infection aiguë, si elle s’est rétablie ou si elle a une infection asymptomatique.
Nous utilisons également ces tests pour obtenir des données à l’échelle de la population afin de mieux comprendre qui a déjà été infecté. Ainsi, selon la question que vous posez, vous pouvez vouloir un test extrêmement sensible ou un test plus évolutif, c’est-à-dire peu coûteux et facile à utiliser, que vous pouvez administrer à des populations plus larges. Je ne dirais pas que l’un est plus important que l’autre, mais que le type de test doit être adapté à la question à laquelle vous essayez de répondre.
Je pense que les tests rapides à domicile peuvent être utiles pour éclairer la boîte noire des personnes « infectées sans le savoir » ou des cas asymptomatiques. Comme nous disposons désormais de tests PCR standards précis et de bonne qualité, je pense que l’accent devrait être mis sur la validation de ces tests plus rapides et moins chers et sur la recherche de moyens de les mettre en œuvre de manière simplifiée.
Health Life Guide : Existe-t-il des tests permettant de détecter simultanément la COVID-19 et la grippe ?
Dr Robinson : Oui. En juillet, la FDA a émis une autorisation d’utilisation d’urgence pour le test multiplex Influenza SARS-CoV-2 (Flu SC2) des CDC. Ce test est un test RT-PCR capable de différencier le SARS-CoV-2 de deux types de grippes : le virus de la grippe A et le virus de la grippe B.
Il est extrêmement important de mettre au point ce type de tests avant la saison de la grippe. À mesure que l’automne avance et que nous commençons à comprendre comment la réouverture des écoles et le retour au travail au bureau affectent la pandémie, des tests comme celui-ci contribueront à élaborer des schémas thérapeutiques efficaces. Ces tests nous aideront également à comprendre les symptômes qui se chevauchent et à comprendre à quel point les co-infections peuvent être courantes.
Health Life Guide : Selon vous, quelle devrait être la prochaine étape en matière de tests ?
Dr Robinson : Je pense que l’amélioration de l’accès aux installations de dépistage et la réduction des délais de traitement sont deux étapes cruciales dans notre approche du SRAS-CoV-2.
Nous devons réfléchir de manière stratégique à qui et où nous testons et créer des centres de dépistage dans les endroits qui ont été durement touchés par le virus. En éduquant davantage les communautés sur le processus de dépistage et en encourageant les personnes qui ne sont peut-être pas elles-mêmes à haut risque mais qui interagissent avec des populations à haut risque, comme celles qui vivent dans des foyers multigénérationnels, nous pourrions avoir un impact profond et large sur le contrôle de la propagation du virus.
Les informations contenues dans cet article sont à jour à la date indiquée, ce qui signifie que des informations plus récentes peuvent être disponibles au moment où vous lisez ceci. Pour les mises à jour les plus récentes sur la COVID-19, visitez notre page d’actualités sur le coronavirus .