Des chercheurs s’efforcent de prédire la prochaine pandémie transmise par les animaux

Vous avez probablement entendu parler des épidémies d’Ebola, de fièvre de Lassa et du virus Zika qui ont sévi dans le monde ces dernières années. Avant de provoquer des épidémies ou des pandémies, les agents pathogènes à l’origine de ces maladies devaient se propager de la faune sauvage à l’homme.

Lorsqu’un virus ou un autre agent infectieux passe de l’animal à l’homme, on parle de zoonose ou de maladie zoonotique. Vous avez probablement entendu parler récemment d’une zoonose, le SARS-CoV-2 , le virus responsable de la COVID-19.

Évaluation des nouveaux virus

La COVID-19 a mis les experts en maladies infectieuses du monde entier en état d’alerte encore plus élevé face à une éventuelle prochaine pandémie. Pour faciliter les prévisions, les chercheurs ont créé un outil en ligne qui peut aider les autres à évaluer le risque de transmission (ou de « débordement ») d’un nouveau virus des animaux aux humains.

L’outil s’appelle SpillOver : Viral Risk Ranking et il a été sponsorisé par l’Agence américaine pour le développement international (USAID), le projet PREDICT, le Global Virome Project et le One Health Institute de l’UC Davis.

L’application en ligne vise à aider les chercheurs et les gouvernements à évaluer le risque de nouveaux virus au fur et à mesure de leur découverte et à communiquer ce risque afin de garantir que des mesures de priorisation, de prévention et de contrôle des maladies soient prises.

Comment fonctionne l’outil

L’outil évalue un virus nouvellement découvert et, sur la base des résultats, crée une liste d’autres virus que les décideurs politiques et les responsables de la santé publique pourraient vouloir surveiller.

SpillOver est conçu pour les virus provenant de mammifères, de reptiles, d’amphibiens et d’oiseaux, ainsi que pour ceux appartenant à de nombreuses familles de virus préoccupants pour la santé humaine. La conception de l’application s’appuie sur un système d’évaluation de crédit utilisé par les banques et peut être mise à jour pour inclure de nouvelles données et de nouveaux facteurs de risque.

Dans un article décrivant l’outil, les auteurs – qui viennent de l’UC Davis, de la Mailman School of Public Health de l’Université Columbia, du Smithsonian Conservation Biology Institute, de la Wildlife Conservation Society, de l’EcoHealth Alliance et de Metabiota, Inc. – ont déclaré que « nous vivons désormais à une époque où les menaces posées par les pandémies virales sont une réalité quotidienne. Un seul virus mortel peut émerger soudainement et se propager rapidement dans chaque foyer et chaque communauté, sans tenir compte des frontières nationales ou du statut social et économique ». 

Jonna Mazet, DVM, PhD , professeure d’épidémiologie et d’écologie des maladies à l’École de médecine vétérinaire de l’Université de Californie à Davis et auteure de l’étude présentant SpillOver, explique à Health Life Guide que, comme l’outil est open source, cela signifie que les chercheurs du monde entier, y compris les épidémiologistes, les vétérinaires spécialisés dans la faune sauvage et les experts d’autres disciplines, pourront participer à la recherche et contribuer en ajoutant des informations sur les nouveaux virus au fur et à mesure qu’ils sont découverts.

Identifier les facteurs de risque

Pour créer l’application SpillOver, les auteurs ont identifié les facteurs de risque des virus, des hôtes et de l’environnement qui seraient les plus pertinents pour les virus animaux se propageant aux humains.

Les facteurs de risque inclus dans l’outil d’évaluation étaient le nombre d’hôtes animaux, leur emplacement géographique et les types d’environnements dans lesquels ils vivent.

Les chercheurs ont ensuite classé le risque de 887 virus de la faune sauvage en utilisant les données disponibles collectées par le projet USAID Emerging Pandemic Threats PREDICT  .

Le virus de Lassa a pris la première place, suivi du SARS-CoV-2. Bien qu’il ait provoqué une pandémie, le SARS-CoV-2 n’a pas obtenu la première place car on ne savait pas grand-chose de ses hôtes animaux.

La liste plus longue des virus comprend plusieurs coronavirus récemment découverts qui sont considérés comme présentant un risque élevé de transmission de la faune aux humains.

Pourquoi les virus font-ils le saut ?

Mazet explique que les virus se transmettent plus rapidement de la faune sauvage à l’homme parce que les humains se déplacent de plus en plus vite vers les zones sauvages. En général, lorsque les humains s’installent dans des zones sauvages et d’autres endroits isolés, c’est parce qu’ils recherchent des matières premières comme les métaux rares nécessaires à la technologie comme les téléphones portables ou pour ouvrir davantage de terres à l’agriculture.

« Ce ne sont pas les animaux sauvages, ni même les virus, qui nous attaquent ou nous infectent, mais notre comportement qui nous met en danger. Et il est parfois difficile de le reconnaître », explique Mazet. « Mais cela signifie que nous avons la capacité d’adapter notre comportement afin de réduire les risques. »

Lorsque les gens s’installent dans des zones autrefois isolées, ils amènent souvent avec eux des animaux domestiques. Les virus peuvent alors se propager au bétail et, par la suite, aux humains. « Cela donne une autre occasion à un agent pathogène de se transformer et de devenir un peu plus virulent avant de se propager aux humains », explique Mazet.

Bien que l’outil SpillOver soit destiné à évaluer les zoonoses virales, il existe également un risque de maladies et d’épidémies dues à des bactéries qui peuvent se transmettre de l’animal à l’homme. Dans le cas des bactéries, explique Mazet, le risque ne vient pas tant de la transmission d’une bactérie de l’animal à l’homme que de la propagation des gènes responsables de la résistance aux antimicrobiens.

À l’affût du prochain virus

« Cet outil vise à mieux comprendre un virus encore inconnu, le virus X, qui peut surgir à tout moment », explique à Health Life Guide Sarah Olson, Ph. D. , auteure de l’étude et directrice adjointe du département d’épidémiologie à la Wildlife Conservation Society dans le Bronx. « L’outil est utile pour classer les virus « connus de la science », mais son autre intérêt est de fournir une liste d’informations nécessaires pour améliorer notre évaluation des risques. »

Selon Olsen, on estime à 1,67 million le nombre de virus non décrits chez les mammifères et les oiseaux. Environ la moitié d’entre eux seraient capables de se transmettre aux humains. « En d’autres termes, les scientifiques n’ont répertorié qu’environ 0,2 % de la diversité virale mondiale chez les mammifères et les oiseaux », explique Olson.

Mazet affirme que « nous devons savoir : comment et pourquoi un virus de la faune sauvage devient zoonotique ? Quels virus représentent la plus grande menace ? »

La menace des coronavirus

Selon Mazet, l’article de la revue sur l’outil SpillOver a été rédigé en grande partie avant que le SARS-CoV-2 ne soit pleinement reconnu. Olson souligne que le virus n’avait pas été détecté chez la faune sauvage avant la pandémie et qu’il se propageait déjà à l’échelle mondiale avant que la menace ne soit pleinement reconnue. 

Les auteurs de l’étude ont noté que de nombreux coronavirus peuvent se propager à l’homme sans pour autant être détectés. Le manque de capacités de diagnostic et la mauvaise qualité des rapports contribuent à les négliger. De plus, les virus ne provoquent généralement que des symptômes légers, voire aucun symptôme, ce qui les rend encore plus difficiles à détecter.

Les informations contenues dans cet article sont à jour à la date indiquée, ce qui signifie que des informations plus récentes peuvent être disponibles au moment où vous lisez ceci. Pour les mises à jour les plus récentes sur la COVID-19, visitez notre  page d’actualités sur le coronavirus .