Qu’est-ce qu’un test génétique ?

Les tests génétiques, également appelés tests ADN, consistent à prélever de l’ADN à partir d’un échantillon de cellules de votre corps pour identifier des gènes, des chromosomes ou des protéines spécifiques, y compris ceux qui sont défectueux (appelés mutations). Le test peut être utilisé pour aider à identifier la lignée génétique, confirmer ou exclure une maladie génétique héréditaire, évaluer votre risque de développer ou de transmettre une maladie génétique et sélectionner les médicaments les plus efficaces en fonction de votre profil génétique. Plusieurs centaines de tests génétiques sont actuellement disponibles, et de nombreux autres sont en cours de développement. Les tests peuvent être effectués sur le sang, l’urine, la salive, les tissus corporels, les os ou les cheveux.

Objectif du test

Votre prestataire de soins de santé peut demander un test génétique pour un certain nombre de raisons liées au diagnostic, à la prévention et au traitement. Les tests génétiques peuvent également être utilisés dans le cadre d’enquêtes judiciaires. Il existe même des tests directs au consommateur permettant de retracer votre ascendance.

Comment fonctionnent les tests génétiques

Presque toutes les cellules de votre corps contiennent de l’ADN, des gènes et des chromosomes . Chacun d’entre eux remplit une fonction spécifique et interdépendante :

• L’ADN (acide désoxyribonucléique) est une molécule à double brin qui contient toutes les informations génétiques vous concernant en tant qu’individu. L’ADN est composé de quatre substances appelées adénine (A), thymine (T), cytosine (C) et guanine (G). La séquence unique de ces substances fournit le « code de programmation » de votre corps.
• Un gène est une portion distincte de l’ADN qui contient les instructions codées sur la manière et le moment de fabriquer des protéines spécifiques. Bien qu’un gène soit censé fonctionner de manière standard, toute faille dans son codage ADN peut affecter la manière dont ces instructions sont délivrées. Ces failles sont appelées mutations génétiques.
• Un chromosome est un ensemble de gènes. Chaque être humain possède 46 gènes, dont 23 sont hérités respectivement de la mère et du père. Chaque chromosome contient entre 20 000 et 25 000 gènes.

Depuis le début des années 1900, les scientifiques ont compris que des variations génétiques spécifiques (génotypes) se traduisent par des caractéristiques physiques spécifiques (phénotypes). Ces dernières années, les progrès technologiques et une meilleure compréhension du génome humain ont permis aux scientifiques de déterminer les mutations qui confèrent certaines maladies ou caractéristiques.

Types de tests génétiques

Les tests génétiques ont de nombreuses applications dans les milieux médicaux et non médicaux. Ils comprennent :

• Tests diagnostiques pour confirmer ou infirmer une maladie génétique
• Test de portage effectué avant ou pendant la grossesse pour voir si vous et votre partenaire êtes porteurs d’un gène pouvant causer une anomalie congénitale
• Diagnostic prénatal pour détecter des anomalies dans les gènes d’un fœtus avant la naissance afin d’identifier des troubles congénitaux ou des malformations congénitales
• Le dépistage néonatal vise à détecter systématiquement 21 maladies héréditaires, comme l’exige la loi
• Tests préimplantatoires utilisés pour dépister les anomalies des embryons dans le cadre du processus de fécondation in vitro (FIV)
• Diagnostic prédictif pour estimer votre risque (prédisposition) de développer une maladie génétiquement influencée, comme le cancer du sein , plus tard dans la vie
• Tests pharmacogénétiques pour déterminer si votre génétique peut influencer votre réponse aux thérapies médicamenteuses, en particulier la résistance génétique aux virus tels que le VIH

Les utilisations non médicales des tests génétiques comprennent les tests de paternité (utilisés pour identifier les modèles d’hérédité entre individus), les tests généalogiques (pour déterminer l’ascendance ou l’héritage) ou les tests médico-légaux (pour identifier un individu à des fins juridiques).

Tests actuellement disponibles

Le nombre de tests génétiques disponibles pour diagnostiquer les maladies augmente chaque année. Dans certains cas, les tests peuvent être plus suggestifs que diagnostiques, étant donné que les connaissances sur la génétique des maladies (comme le cancer et les maladies auto-immunes ) restent limitées.

Parmi certains des tests génétiques actuellement utilisés pour le diagnostic :

• Syndrome de Becker/Duchenne associé à une dystrophie musculaire
• Mutations BRCA1 et BRCA2 associées aux cancers du sein, de l’ovaire et de la prostate
• Le dépistage de l’ADN sans cellules utilisé pour diagnostiquer le syndrome de Down
• Mutations du gène CTFR associées à la fibrose kystique
• Mutations FH associées à l’hypercholestérolémie familiale
• Mutations du gène FMR1 liées à l’autisme et à la déficience intellectuelle
• Mutations du gène HD associées à la maladie de Huntington
• Mutations HEXA associées à la maladie de Tay-Sachs
• Mutations HBB associées à l’anémie falciforme
• Mutations du gène IBD1 liées aux maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)
• Mutations LCT associées à l’intolérance au lactose
• Mutations MEN2A et MEN2B associées au cancer de la thyroïde
• Mutations NOD2 associées à la maladie de Crohn
• Mutations du gène PAI-1 , prédictives de maladie coronarienne (MC) et d’accident vasculaire cérébral

Il existe aujourd’hui plus de 2 000 tests génétiques disponibles à des fins médicales et non médicales , selon l’Institut national de recherche sur le génome humain basé à Bethesda, dans le Maryland.

Risques et contre-indications

Les risques physiques des tests génétiques sont minimes. La plupart nécessitent un échantillon de sang ou de salive ou un frottis de l’intérieur de la joue (appelé frottis buccal). Selon les objectifs du test, il peut se contenter de quelques gouttes de sang (par exemple pour un dépistage néonatal ou un test de paternité) ou de plusieurs flacons (pour un dépistage du cancer ou du VIH) 

En cas de suspicion de cancer, une biopsie peut être réalisée pour obtenir des cellules d’une tumeur solide ou de la moelle osseuse. Les risques d’une biopsie peuvent varier en fonction du caractère invasif de la procédure, allant de douleurs et ecchymoses localisées à des cicatrices et infections.

Risques prénatals

Les tests génétiques prénataux sont généralement effectués sur le sang maternel. Le test d’ADN fœtal libre (cfDNA) est un exemple de ce type de test, effectué après la 10e semaine de grossesse. Les risques pour la mère et le bébé ne sont pas plus élevés que ceux d’une prise de sang effectuée sur une personne non enceinte.

Des tests génétiques peuvent également être effectués sur du liquide amniotique obtenu par amniocentèseL’amniocentèse peut être utilisée pour réaliser un caryotype , qui permet de dépister des troubles génétiques tels que le syndrome de Down, la fibrose kystique et des anomalies du tube neural comme le spina bifida. Les effets secondaires peuvent inclure des crampes, une douleur localisée au point de ponction et une perforation accidentelle de la vessie. L’amniocentèse comporte un risque de fausse couche d’un sur 400.

En revanche, les échantillons obtenus par prélèvement de villosités choriales (PVC) peuvent entraîner une fausse couche dans une procédure sur 100. Le PVC peut être utilisé pour dépister les mêmes maladies congénitales, à l’exception des anomalies du tube neural. Il n’est pas recommandé aux femmes atteintes d’une infection active, qui attendent des jumeaux ou qui présentent des saignements vaginaux, entre autres. Les effets secondaires peuvent inclure des saignements, des crampes ou une infection

Considérations

Au-delà des risques physiques liés aux tests, les éthiciens s’inquiètent de l’impact émotionnel d’apprendre que vous pourriez ou non développer une maladie grave dans des années, voire des décennies. L’incertitude peut être source de stress quant à votre avenir et/ou à votre capacité à obtenir une assurance santé ou vie en cas de besoin.

Des efforts sont actuellement déployés pour répondre à certaines de ces préoccupations. En 2009, le Congrès américain a adopté la loi sur la non-discrimination en matière d’information génétique (Genetic Information Non-Discrimination Act, GINA) , qui interdit toute discrimination en matière d’assurance maladie ou d’emploi fondée sur les résultats d’un test génétique. Malgré les efforts déployés pour élargir la protection, la loi GINA ne s’applique pas aux entreprises de moins de 15 salariés et ne prévient pas les pratiques discriminatoires parmi les fournisseurs d’assurance-vie 

Si vous envisagez de faire un test facultatif, il est important de rencontrer un conseiller en génétique qualifié pour bien comprendre les avantages, les risques et les limites du test. Cela inclut votre « droit de ne pas savoir » si des résultats inattendus sont découverts.

Dans certains cas, savoir que vous avez une prédisposition génétique à une maladie comme le cancer du sein peut vous aider à prendre des décisions importantes concernant votre santé. Dans d’autres cas, savoir qu’une maladie peut ou non se développer et pour laquelle il n’existe aucun traitement n’est peut-être pas une chose que vous souhaitez affronter. Il n’y a pas de bonne ou de mauvaise réponse dans ces deux cas ; il s’agit uniquement d’un choix personnel.

Avant le test

Un test génétique ne nécessite pas beaucoup de préparation de votre part. La seule exception concerne les tests prénataux, qui nécessitent parfois des restrictions alimentaires et/ou hydriques.

Timing

Selon le but de l’enquête, un test génétique peut prendre quelques minutes à peine.

À l’exception des kits d’ascendance vendus directement au consommateur , la plupart des tests génétiques nécessitent un certain niveau de conseil avant le test. Même si votre prestataire de soins de santé prescrit le test dans le cadre d’une enquête en cours, attendez-vous à passer au moins 15 minutes au laboratoire ou à la clinique (sans compter le temps d’attente).

Les tests prénataux peuvent prendre entre 30 et 90 minutes à réaliser, selon que l’on demande une amniocentèse, un PVC transabdominal ou un PVC transcervical.

Les biopsies peuvent prendre plus de temps, en particulier celles qui touchent la moelle osseuse ou le côlon. Bien que la procédure ne dure que 10 à 30 minutes, le temps de préparation et de récupération peut s’allonger d’une heure si un sédatif intraveineux (IV) est utilisé.

Emplacement

Les échantillons génétiques peuvent être obtenus dans le cabinet d’un professionnel de la santé, dans une clinique, à l’hôpital ou dans un laboratoire indépendant. Le dépistage prénatal est effectué en cabinet. Certaines biopsies, comme l’aspiration à l’aiguille fine , peuvent être effectuées dans le cabinet d’un praticien ; d’autres sont réalisées en ambulatoire dans un hôpital ou une clinique.

Les tests réels des échantillons sont effectués dans un laboratoire certifié conformément aux Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA) de 1988. Aujourd’hui, il existe plus de 500 laboratoires de génétique certifiés CLIA aux États-Unis.

Que porter

Si une prise de sang est nécessaire, veillez à porter des manches courtes ou un haut dont les manches peuvent être facilement retroussées. Pour un dépistage prénatal ou une biopsie, on pourra vous demander de vous déshabiller partiellement ou complètement. Si c’est le cas, laissez vos objets de valeur à la maison. Une blouse d’hôpital vous sera fournie si nécessaire.

Alimentation et boissons

En règle générale, il n’y a aucune restriction alimentaire ou de boisson pour un test génétique. Manger, boire ou prendre des médicaments n’affectera pas le résultat du test.

Bien qu’il n’y ait aucune restriction alimentaire pour le dépistage ADN prénatal, il convient d’éviter de boire des liquides avant l’amniocentèse afin que la vessie soit vide et moins susceptible d’être perforée. En revanche, il se peut que vous ayez besoin d’une vessie pleine pour un test de dépistage des virus de la vessie et il vous sera demandé de boire davantage de liquides.

Des restrictions alimentaires et de boissons peuvent également s’appliquer à certaines biopsies, en particulier celles qui impliquent le tractus gastro-intestinal ou nécessitent une sédation. Consultez votre prestataire de soins de santé pour vous assurer de respecter les directives alimentaires appropriées.

Vous devrez également informer votre médecin si vous prenez des anticoagulants (anticoagulants) ou de l’aspirine avant une biopsie, car cela peut favoriser le saignement. En règle générale, il est important d’informer votre médecin de tout médicament que vous prenez, prescrit ou non, avant tout test ou examen médical.

Ce qu’il faut apporter

N’oubliez pas d’apporter votre carte d’identité et votre carte d’assurance maladie à votre rendez-vous. Si l’intervention implique une sédation de quelque sorte que ce soit, prévoyez un service de voiture ou faites venir un ami pour vous raccompagner chez vous après le rendez-vous.

Coût et assurance maladie

Le coût d’un test génétique peut varier considérablement, allant de moins de 100 $ à plus de 2 000 $, selon l’objectif et la complexité du test. Ce montant n’inclut pas le coût supplémentaire de l’obtention d’un échantillon de liquide ou de tissu lorsqu’un dépistage prénatal ou une biopsie tissulaire est indiqué. 

La plupart des tests génétiques nécessitent une autorisation préalable de votre assureur. Certains, comme le dépistage néonatal et les tests BRCA utilisés pour dépister le cancer du sein, sont classés comme prestations de santé essentielles (EHB) en vertu de l’ Affordable Care Act , ce qui signifie que votre assureur est tenu de couvrir gratuitement le coût du test et du conseil génétique.

En règle générale, les tests génétiques sont approuvés s’ils contribuent à prévenir la progression de la maladie ou à améliorer les résultats du traitement. Cela étant dit, les frais de coassurance et de quote-part peuvent souvent être prohibitifs. Si un test génétique est approuvé par votre assureur, assurez-vous de lui parler des frais que vous êtes susceptible d’engager.

Si vous n’êtes pas assuré ou sous-assuré, demandez si le laboratoire propose une option de paiement mensuel ou un programme d’assistance aux patients avec une structure de prix à plusieurs niveaux pour les familles à faible revenu.

Les tests d’ascendance vendus directement au consommateur coûtent entre 50 et 200 dollars et ne sont pas couverts par l’assurance maladie. Les tests facultatifs, tels que les tests de paternité, ne sont généralement jamais couverts par l’assurance maladie, même s’ils sont imposés par un tribunal.

Autres considérations

Certaines personnes préféreront payer de leur poche si elles craignent qu’un résultat positif au test puisse avoir un impact sur leur capacité à obtenir une assurance. Bien que l’assurance maladie ne soit généralement pas un problème, appelez le bureau du procureur général de votre État pour comprendre les lois sur la confidentialité des données médicales de votre État, ainsi que celles de la loi fédérale Health Insurance Portability Accountability Act (HIPAA) de 1996.

Cela inclut l’utilisation de kits génétiques domestiques dans lesquels les fabricants vendront parfois vos données (généralement agrégées sans votre nom) à des entreprises biomédicales et pharmaceutiques.

Si votre confidentialité médicale est violée pour une raison quelconque, vous pouvez déposer une plainte relative à la confidentialité HIPAA auprès du Bureau des droits civils du ministère américain de la Santé et des Services sociaux.

Pendant le test

Votre expérience de test dépendra du type de test génétique que vous subirez, mais certains aspects s’appliquent à tous.

Pré-test

Après avoir signé votre carte d’identité et votre carte d’assurance maladie, vous suivrez une forme de conseil pré-test. Le conseil peut varier en fonction des objectifs de la procédure.

À des fins de diagnostic, comme la confirmation d’une maladie de longue date (comme la maladie de Crohn) ou l’extension de l’investigation d’une maladie connue (comme le cancer), le conseil préalable peut se limiter à la compréhension des objectifs et des limites du test.

À des fins de dépistage ou de prédiction (comme l’identification d’une anomalie congénitale prénatale, l’évaluation de votre prédisposition au cancer ou l’estimation de votre risque d’être porteur d’une maladie), le conseil génétique visera à vous aider à mieux comprendre la valeur et les inconvénients des tests génétiques.

Quoi qu’il en soit, l’objectif du conseil génétique est de s’assurer que vous êtes en mesure de donner ce que l’on appelle un consentement éclairé. Il s’agit d’une autorisation donnée, sans contrainte ni influence, sur la base d’une compréhension complète des avantages et des risques d’une procédure.

L’objectif du conseil est de s’assurer que vous comprenez :

• Le but du test
• Le type et la nature de la condition étudiée
• La précision et les limites du test
• Autres options de test que vous pouvez choisir
• Les options qui s’offrent à vous si un trouble est identifié
• Les décisions que vous devrez peut-être prendre en fonction des résultats
• La disponibilité des services de conseil et de soutien
• Votre droit de refuser un test
• Votre « droit de ne pas savoir » sur les conditions qui dépassent le cadre de l’enquête

Un conseiller en génétique certifié vous expliquera ensuite le déroulement du test et vous indiquera quand les résultats seront disponibles. N’hésitez pas à poser autant de questions que nécessaire, en particulier si vous êtes confrontée à une situation difficile, comme une interruption de grossesse.

Tout au long des tests

Une fois la consultation terminée, l’échantillon sera prélevé pour analyse. L’échantillon est obtenu de la manière suivante :

• Un frottis buccal est réalisé en frottant du coton sur la surface intérieure de la joue. L’écouvillon est ensuite placé dans un tube en plastique scellé et envoyé au laboratoire.
• Une prise de sang est effectuée par un phlébotomiste en insérant une aiguille dans une veine et en extrayant 1 à 3 millilitres de sang dans un tube à essai.
• Un échantillon de salive est obtenu simplement en vous faisant cracher dans un récipient stérile
• Le test de Guthrie, également appelé dépistage néonatal , consiste à prélever quelques gouttes de sang au talon. Les gouttes sont déposées sur une carte de prélèvement sanguin et envoyées au laboratoire.
• L’amniocentèse consiste à insérer une fine aiguille creuse à travers la paroi abdominale et dans votre utérus pour recueillir une petite quantité de liquide amniotique.
• Le CVS implique l’insertion d’un cathéter à travers le col de l’utérus ou la paroi abdominale pour obtenir un échantillon de tissu du placenta.
• L’aspiration à l’aiguille fine (AAF) et l’aspiration à l’aiguille centrale (AIC) sont réalisées en insérant une aiguille à travers la peau dans une tumeur solide ou dans la moelle osseuse.

Bien que la biopsie chirurgicale, par voie ouverte ou laparoscopique , puisse être utilisée pour obtenir des tissus difficiles à atteindre, elle ne sera presque jamais réalisée dans le seul but d’obtenir un échantillon génétique. Des échantillons de tissus peuvent également être obtenus en complément d’autres procédures de diagnostic direct, telles qu’une coloscopie ou une endoscopie .

Post-test

Dans la plupart des cas, vous pourrez rentrer chez vous une fois l’échantillon génétique obtenu. Si une sédation a été utilisée (pour une coloscopie ou une biopsie de moelle osseuse, par exemple), vous devrez rester en salle de réveil jusqu’à ce que le personnel médical approuve votre sortie, généralement dans l’heure qui suit. Dans ce cas, quelqu’un devra vous reconduire chez vous.

Après le test

Toute intervention impliquant une aiguille comporte un risque d’infection, de douleur, d’ecchymose et de saignement. Appelez votre médecin si vous développez une forte fièvre ou si vous constatez une rougeur, un gonflement ou un écoulement au niveau du site de biopsie. Ces signes peuvent être ceux d’une infection nécessitant un traitement rapide.

Si vous avez utilisé une sédation, vous pourriez ressentir des étourdissements, de la fatigue, des nausées ou des vomissements à court terme une fois de retour à la maison. Les symptômes ont tendance à être légers et disparaissent généralement en un jour. Vous pouvez réduire le risque de nausées et de vomissements en buvant beaucoup d’eau. Si les symptômes persistent ou si vous ressentez un ralentissement anormal du rythme cardiaque ( bradycardie ), appelez immédiatement votre professionnel de la santé.

Au laboratoire

Selon les objectifs du test, l’échantillon peut être soumis à l’un des nombreux processus permettant d’isoler le gène étudié. L’un de ces processus, la réaction en chaîne par polymérase (PCR) , est utilisé pour « amplifier » le nombre de brins d’ADN dans un échantillon de sang, de quelques milliers à plusieurs millions.

L’échantillon est ensuite soumis à un processus appelé séquençage de l’ADN pour identifier le codage ATCG exact dans l’ADN. Le résultat est traité par ordinateur pour comparer la séquence à celle du génome humain de référence.

Un rapport est ensuite généré, répertoriant toutes les variantes, normales et anormales, dont les informations peuvent nécessiter une interprétation par un expert appelé généticien.

Interprétation des résultats

Selon le test et l’établissement utilisé, il faut compter entre une et quatre semaines pour obtenir les résultats de votre test. Les laboratoires commerciaux ont tendance à être plus rapides que les laboratoires institutionnels ou de recherche.

Si le test a été effectué à des fins diagnostiques, les résultats seront généralement examinés avec vous par le professionnel de la santé qui a prescrit le test. Par exemple, un spécialiste du VIH demande un génotypage pour déterminer quels médicaments seront les plus efficaces en fonction du génotype de votre virus.

Si le test est utilisé à des fins prédictives ou de dépistage, un conseiller en génétique peut être sur place pour expliquer ce que signifient et ne pas signifient les résultats.

Dans la plupart des cas, les tests monogéniques donneront un résultat positif, négatif ou ambigu. Par définition :

• Un résultat positif indique qu’une « mutation délétère » (également appelée « mutation pathogène ») a été détectée. Une mutation délétère est une mutation qui augmente le risque de contracter une maladie, mais qui n’est pas nécessairement certaine.
• Un résultat négatif signifie qu’aucune mutation génétique n’a été trouvée.
• Un résultat ambigu , souvent décrit comme une « variation de signification incertaine » (VUS), décrit une mutation dont l’impact est inconnu. Si de nombreuses mutations de ce type sont inoffensives, certaines peuvent en réalité être bénéfiques.

Suivi

Les résultats des tests génétiques peuvent servir soit de point final, permettant un diagnostic définitif et un plan de traitement, soit de point de départ, nécessitant une enquête plus approfondie ou la surveillance de votre santé.

Parmi certains scénarios auxquels vous pourriez être confronté :

• Toute anomalie détectée lors du dépistage néonatal nécessite des tests supplémentaires et/ou une surveillance continue de la santé de l’enfant pour identifier de manière proactive les symptômes.
• Les anomalies détectées lors du dépistage prénatal peuvent nécessiter des thérapies préventives pour minimiser l’impact de la maladie et/ou l’intervention d’experts médicaux pour vous aider à décider de poursuivre ou non la grossesse.
• Toute anomalie détectée lors des tests de dépistage des porteurs peut nécessiter l’intervention d’un généticien (pour déterminer les risques que votre bébé soit atteint d’une malformation congénitale) et d’un spécialiste de la fertilité (pour explorer d’autres moyens de conception).
• Toute anomalie détectée lors d’un test prédictif nécessite l’intervention d’un spécialiste approprié pour étudier d’autres options de test ou de traitement. Il peut s’agir de procédures préventives, telles qu’une mastectomie prophylactique , pour éviter une maladie si votre génétique et d’autres facteurs de risque vous exposent à un risque exceptionnellement élevé.

Un mot de Health Life Guide

Les tests génétiques peuvent certes être bénéfiques pour la santé et le bien-être de nombreuses personnes, mais ils peuvent aussi compliquer la vie d’autres. Lorsqu’ils sont utilisés à des fins de dépistage, de choix ou de prédiction, ils ne doivent être entrepris qu’après avoir pleinement compris les avantages et les inconvénients des tests.

Après avoir reçu un résultat positif, certaines personnes peuvent avoir besoin de l’aide de psychologues et d’autres personnes pour les aider à prendre des décisions compliquées ou à surmonter les incertitudes auxquelles elles peuvent être confrontées. À cette fin, la plupart des spécialistes en génétique travailleront avec des professionnels de la santé mentale compétents pour aider les personnes à faire face à de telles situations.